旧三ツ木村の鎮守。社伝によると和銅年間(708-714)に創建。
その頃は三ツ木は貢と記され大和朝廷への貢物を調製する地であったとされている。
天神七大地神五代之大神、大己貴命、加久津智命、素盞鳴尊を祀る。
この天神七大地神五代之大神というのは天照大御神から始まる天神七代と地神五代の合わせて十二代の大神のことを意味する。神社の名に冠せられている十二所というのもここに由来。
明治39年に山王社愛宕神社、神明社を合祀した他に、境内には八坂神社に疱瘡神神社が鎮座。