鎌倉幕府倒幕の立役者の後醍醐天皇の祖父で大覚寺統の始祖として知られる亀山天皇(1249?1305)は退位後に禅僧になった初めての天皇。
父親の後嵯峨天皇は治天の君の選定を鎌倉幕府に託してこの世を去る。託された鎌倉幕府は母親で西園寺実氏の子の大宮院に裁定を委ね、兄の後深草院ではなく亀山天皇を治天の君とした。
ここに、後深草系の持明院統と亀山系の大覚寺統との分裂が始まる。
時の鎌倉幕府執権北条貞時は、後深草院による嘆願を受けて、1287(弘安10)年に後宇多天皇から後深草院の皇子熈仁親王(伏見天皇)に譲位させる。
この間の鎌倉幕府との交渉に疲れ果てた亀山院は1289(正応２)年に離宮禅林殿で出家に及んだ。この離宮禅林殿が後に南禅寺となる。
[参考]文保の和談

京都・南禅寺