| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 京極高次 | 若狭国小浜藩主[1600-1609] |
| 2 | 京極忠高 | 若狭国小浜藩主[1609-1634]→出雲国松江藩主[1634-1637] |
| 3 | 京極高和 | 播磨国龍野藩主[1637-1658]→讃岐国丸亀藩主[1658-1662] |
| 4 | 京極高豊 | 讃岐国丸亀藩主[1662-1694] |
| 5 | 京極高或 | 讃岐国丸亀藩主[1694-1724] |
| 6 | 京極高矩 | 讃岐国丸亀藩主[1724-1763] |
| 7 | 京極高中 | 讃岐国丸亀藩主[1763-1811] |
| 8 | 京極高朗 | 讃岐国丸亀藩主[1811-1850] |
| 9 | 京極朗徹 | 讃岐国丸亀藩主[1850-1871] |
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