府中小笠原氏第19代当主・小笠原秀政を祖とする.
| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 小笠原秀政 | 下総国古河藩主[1590-1601]→信濃国飯田藩主[1601-1613]→信濃国松本藩主[1613-1615] |
| 2 | 小笠原忠真 | 信濃国松本藩主[1615-1617]→播磨国明石藩主[1617-1632]→豊前国小倉藩主[1632-1667] |
| 3 | 小笠原忠雄 | 豊前国小倉藩主[1667-1725] |
| 4 | 小笠原忠基 | 豊前国小倉藩主[1725-1752] |
| 5 | 小笠原忠総 | 豊前国小倉藩主[1752-1790] |
| 6 | 小笠原忠苗 | 豊前国小倉藩主[1791-1804] |
| 7 | 小笠原忠固 | 豊前国小倉藩主[1804-1843] |
| 8 | 小笠原忠徴 | 豊前国小倉藩主[1843-1856] |
| 9 | 小笠原忠嘉 | 豊前国小倉藩主[1856-1860] |
| 10 | 小笠原忠幹 | 豊前国小倉藩主[1860-1865] |
| 11 | 小笠原忠忱 | 豊前国小倉藩主[1865-1871] |
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