| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 牧野康成 | 父の越後国長岡藩主・牧野忠成から蒲原郡・三島郡の内より新墾田1万石分知され立藩. 越後国与板藩主[1634-1657] |
| 2 | 牧野康道 | 越後国与板藩主[1657-1689] |
| 3 | 牧野康重 | 下野国足利藩主・本庄宗資の子.牧野康道の養嗣子. 越後国与板藩主[1689-1696]→信濃国小諸藩主[1696-1722] |
| 4 | 牧野康周 | 信濃国小諸藩主[1722-1758] |
| 5 | 牧野康満 | 信濃国小諸藩主[1758-1784] |
| 6 | 牧野康陛 | 信濃国小諸藩主[1784-1794] |
| 7 | 牧野康儔 | 信濃国小諸藩主[1794-1800] |
| 8 | 牧野康長 | 信濃国小諸藩主[1800-1819] |
| 9 | 牧野康明 | 信濃国小諸藩主[1819-1827] |
| 10 | 牧野康命 | 信濃国小諸藩主[1827-1832] |
| 11 | 牧野康哉 | 信濃国小諸藩主[1832-1863] |
| 12 | 牧野康済 | 信濃国小諸藩主[1863-1871]→廃藩置県 |
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