| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 本多広孝 | 田原城主[-1590] |
| 1 | 本多康重 | 上野国白井藩主[1590-1601]→三河国岡崎藩主[1601-1611] |
| 2 | 本多康紀 | 三河国岡崎藩主[1611-1623] |
| 3 | 本多忠利 | 三河国岡崎藩主[1623-1645] |
| 4 | 本多利長 | 三河国岡崎藩主[1645]→遠江国横須賀藩主家[1645-1682]→出羽国村山藩主[1682-1692] |
| 5 | 本多助芳 | 出羽国村山藩主[1693-1699]→越後国糸魚川藩主[1699-1717]→信濃国飯山藩主[1717-1725] |
| 6 | 本多康明 | 信濃国飯山藩主[1725-1730] |
| 7 | 本多助有 | 信濃国飯山藩主[1730-1737] |
| 8 | 本多助盈 | 信濃国飯山藩主[1737-1774] |
| 9 | 本多助受 | 信濃国飯山藩主[1774-1806] |
| 10 | 本多助賢 | 信濃国飯山藩主[1806-1858] |
| 11 | 本多助実 | 信濃国飯山藩主[1858-1867] |
| 12 | 本多助成 | 信濃国飯山藩主[1867-1868] |
| 13 | 本多助寵 | 信濃国飯山藩主[1868-1869] |
| 14 | 本多助実 | 信濃国飯山藩主[1869-1871] |
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