| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 水野忠元 | 水野忠守の三男. 下総国山川藩主[1615-1620] |
| 2 | 水野忠善 | 下総国山川藩主[1620-1635]→駿河国田中藩主[1635-1642]→三河国吉田藩主[1642-1645]→三河国岡崎藩主[1645-1676] |
| 3 | 水野忠春 | 三河国岡崎藩主[1676-1692] |
| 4 | 水野忠盈 | 三河国岡崎藩主[1692-1699] |
| 5 | 水野忠之 | 三河国岡崎藩主[1699-1730] |
| 6 | 水野忠輝 | 三河国岡崎藩主[1730-1737] |
| 7 | 水野忠辰 | 三河国岡崎藩主[1737-1752] |
| 8 | 水野忠任 | 三河国岡崎藩主[1752-1762]→肥前国唐津藩主[1762-1775] |
| 9 | 水野忠鼎 | 肥前国唐津藩主[1775-1805] |
| 10 | 水野忠光 | 肥前国唐津藩主[1805-1812] |
| 11 | 水野忠邦 | 肥前国唐津藩主[1812-1817]→遠江国浜松藩主[1817-1845] |
| 12 | 水野忠精 | 遠江国浜松藩主[1845]→出羽国山形藩主[1845-1866] |
| 13 | 水野忠弘 | 出羽国山形藩主[1866-1870]→近江国朝日山藩主[1870-1871]→廃藩置県 |
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