| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 酒井忠利 | 駿河国田中藩主[1601-1609]→武蔵国川越藩主[1609-1627] |
| 2 | 酒井忠勝 | 武蔵国深谷藩主[1622-1627]→<父領相続>→武蔵国川越藩主[1627-1634]→若狭国小浜藩主[1634-1656] |
| 3 | 酒井忠直 | 若狭国小浜藩主[1656-1682] |
| 4 | 酒井忠隆 | 若狭国小浜藩主[1682-1686] |
| 5 | 酒井忠囿 | 若狭国小浜藩主[1686-1706] |
| 6 | 酒井忠音 | 若狭国小浜藩主[1706-1735] |
| 7 | 酒井忠存 | 若狭国小浜藩主[1735-1740] |
| 8 | 酒井忠用 | 若狭国小浜藩主[1740-1757] |
| 9 | 酒井忠与 | 若狭国小浜藩主[1757-1762] |
| 10 | 酒井忠貫 | 若狭国小浜藩主[1762-1806] |
| 11 | 酒井忠進 | 若狭国小浜藩主[1806-1828] |
| 12 | 酒井忠順 | 若狭国小浜藩主[1828-1834] |
| 13 | 酒井忠義 | 若狭国小浜藩主[1834-1862] |
| 14 | 酒井忠氏 | 若狭国小浜藩主[1862-1868] |
| 15 | 酒井忠義 | 若狭国小浜藩主[1868-1870] |
| 16 | 酒井忠経 | 越前国敦賀藩主.忠稠系小浜藩酒井家. 若狭国小浜藩主[1870-1871]→廃藩置県 |
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