| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 溝口秀勝 | 丹羽長秀家臣→織田信長家臣→若狭国大飯郡高浜城主[1581-1583]→加賀国江沼郡大聖寺城主[1583-1598]→越後国蒲原郡新発田城主[1598-1600]→越後国新発田藩主[1600-1610] |
| 2 | 溝口宣勝 | 越後国新発田藩主[1610-1628] |
| 3 | 溝口宣直 | 越後国新発田藩主[1628-1672] |
| 4 | 溝口重雄 | 越後国新発田藩主[1672-1706] |
| 5 | 溝口重元 | 越後国新発田藩主[1706-1719] |
| 6 | 溝口直治 | 越後国新発田藩主[1719-1732] |
| 7 | 溝口直温 | 越後国新発田藩主[1732-1761] |
| 8 | 溝口直養 | 越後国新発田藩主[1761-1786] |
| 9 | 溝口直侯 | 越後国新発田藩主[1786-1802] |
| 10 | 溝口直諒 | 越後国新発田藩主[1802-1838] |
| 11 | 溝口直溥 | 越後国新発田藩主[1838-1867] |
| 12 | 溝口直正 | 越後国新発田藩主[1867-1871]→廃藩置県 |
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