| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 金森長近 | 飛騨高山藩主[1586-1608] |
| 2 | 金森可重 | 飛騨高山藩主[1608-1615] |
| 3 | 金森重頼 | 飛騨高山藩主[1615-1650] |
| 4 | 金森頼直 | 飛騨高山藩主[1650-1665] |
| 5 | 金森頼業 | 飛騨高山藩主[1665-1671] |
| 6 | 金森頼時 | 飛騨高山藩主[1672-1692]→出羽上山藩主[1692-1697]→美濃郡上藩主[1697-1736] |
| 7 | 金森頼錦 | 美濃郡上藩主[1736-1758] |
| 8 | 金森頼興 | 明和3[1766]年赦免.天明8[1788]年,1500俵にて名跡を承継し旗本となる. |
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