| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 井上政重 | 井上宗家・井上正就の弟. 宗門改役であったため,文京区小日向にあった下屋敷は切支丹屋敷として用いられた. 下総国高岡藩主[1640-1660] |
| 2 | 井上政清 | 下総国高岡藩主[1660-1675] |
| 3 | 井上政蔽 | 下総国高岡藩主[1675-1716] |
| 4 | 井上政鄰 | 下総国高岡藩主[1716-1731] |
| 5 | 井上正森 | 下総国高岡藩主[1731-1760] |
| 6 | 井上正国 | 下総国高岡藩主[1760-1791] |
| 7 | 井上正紀 | 下総国高岡藩主[1791-1806] |
| 8 | 井上正瀧 | 下総国高岡藩主[1806-1841] |
| 9 | 井上正域 | 下総国高岡藩主[1841-1846] |
| 10 | 井上正和 | 下総国高岡藩主[1846-1867] |
| 11 | 井上正順 | 下総国高岡藩主[1867-1871] |
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