藤原南家為憲流.藤原南家武智麻呂の後裔の維幾の子・木工助為憲が木工助の「工」と藤原の「藤」から工藤を称したことが起源.藤原為憲は平貞盛と藤原秀郷とともに平将門の討伐で名を馳せた.
鎌倉時代,工藤祐経が日向国に地頭職を得ている.その後,一族が日向国へと下向.家紋は庵木瓜など.