伏見天皇と参議左近衛中将・五辻経氏の娘・藤原経子との間の第一皇子にして第93代天皇．名は胤仁といいます．

在位は1298年8月30日（永仁6年7月22日）から1301年3月2日（正安3年1月21日）であって，鎌倉時代の末期の持明院統の天皇．

1298年に父親の伏見天皇から譲位されて即位しますが，1301年に大覚寺統の圧力によって後二条天皇に譲位します．1308年に弟の花園天皇が即位すると院政を始めます．

1333（元弘3/正慶2）年に後醍醐天皇による倒幕運動である元弘の乱が勃発．同年5月に，足利尊氏，佐々木道誉，赤松則村などが京都の六波羅探題を襲撃します．六波羅探題は足利尊氏らに攻め落とされ，六波羅探題北方の北条仲時（普恩寺流;1306-1333）は南方の北条時益（政村流;-1333）と一緒に，光厳天皇・花園上皇とともに後伏見上皇を連れて鎌倉へと落ち延びようとします．