| 藩名 | 藩主家[石高] | 城・陣屋 | 藩庁所在地 |
| 中津藩 | 細川家[17.3万石]→小笠原家[8万石]→[10万石] | 中津城 | 大分県中津市二ノ丁 |
| 臼杵藩 | 稲葉家[17.3万石] | 臼杵城 | 大分県臼杵市大字臼杵 |
| 岡藩 | 中川家[7万石] | 豊後竹田城 | 大分県竹田市大字竹田 |
| 杵築藩 | 小笠原家[4万石]→[3.2万石] | 杵築城 | 大分県杵築市杵築 |
| 佐伯藩 | 毛利家[2万石] | 杵築城 | 大分県佐伯市西谷 |
| 日出藩 | 木下家[2.5万石] | 日出城 | 大分県速見郡日出町 |
| 豊後森藩 | 久留島家[1.2万石] | 久留島陣屋 | 大分県玖珠郡玖珠町森 |
| 府内藩 | 竹中家[2万石]→日根野家[2万石]→大給松平家[2.2万石] | 府内城 | 大分県大分市荷揚町 |
