源頼朝の奥州征伐の戦功により武藤資頼が出羽大泉庄を拝領。武藤資頼は大宰少弐に任ぜられて九州に下向。弟の武藤氏平が大泉庄に土着し大泉氏を名乗り、その子孫が出羽の大宝寺に本拠地を移し大宝寺を名乗った。

1588（天正16）年に、上杉氏家臣の村上城主・本庄繁長によって落城。以降、上杉氏の支配下に置かれる。1601（慶長6）年に関が原の戦功により庄内３郡を加増された最上義光が隠居城として用いた。この時に大修築が施され、名も鶴ヶ岡城と改められた。

1622（元和8）年に最上氏が改易。信濃松代から酒井忠勝が庄内14万石で入封し居城とした。