関ヶ原の戦い以前は細川家所領。細川家が豊前国中津へ転封の後に、信濃国飯田から京極高知が田辺に入封し丹後国を一国支配。嫡男高広を宮津、高三を田辺、養子の高通を峰山に配する。ここに宮津藩京極家が誕生する(7万8000石)。宮津藩京極家は高広が子の高国との家中騒動により改易。
天領となった宮津に永井尚征が7万3000石で入封するも、永井家は次代尚長が４代将軍家綱の増上寺法要で鳥羽藩主内藤忠勝により斬殺され改易。
奥平家、青山家と続き、遠江国浜松藩から松平(本庄)資昌が7万石で入封し明治維新を迎えるまで松平(本庄)家の支配。