聖武帝の発願によって天平13(741)年に全国に造営された国分僧寺、尼寺を起源とする寺院。遠敷川と松永川に囲まれた地にあり、径45メートルの国分寺古墳の裾に塔、現在の釈迦堂には金堂、その前には中門、その後方には講堂があったことが確認されている。
薬師堂に鎌倉時代の木造薬師如来坐像(重要文化財)、釈迦堂には福井県最大の３メートル18センチの木造釈迦如来坐像(市指定文化財)がある。