本尊が薬師如来なので、別名、因幡薬師。東京国立博物館にある鎌倉時代後期の絵巻『因幡堂縁起』によると、本尊は因幡国司橘 行平が997(長徳3)年に任期を終えて京都に帰る途中、夢のお告げで因幡の賀留津の海から引き上げたものとか。行平は近くに堂を建てて薬師如来像を安置した。しかし、如来像は京都についてきたので、1003(長保5)年に自宅に祀ったのが平等寺の起源。

当時から信仰を集めたが、平等寺という名は1171(承安元)年に高倉天皇による命名。それ以前は、藤原宗忠はその日記『中右記』では「小霊験所」と呼んでいる。

嵯峨釈迦堂、信濃善光寺とともに三大薬師と呼ばれる。