四条堀川の近くにある京都四条病院から西へ約100メートルの妙満町の旧妙満寺跡に1594年に、フランシスコ会のペトロ・バプティスク神父によって聖マリア教会が建設された。1595年には京都初の西洋式病院である聖アンナ病院、さらには聖ヨゼフ病院が建設された。しかし、豊臣秀吉によって、1596年12月8日に再び禁教令が公布されると、秀吉の命によって京都奉行石田三成はフランシスコ会員ら24名を逮捕し、一条戻橋で左耳たぶを切り落とされた上で市中を引き回された。翌年、24名は長崎へと送られ、同行していた日本人信徒2名とともに殉教した。26人は、1862年6月8日にローマ教皇ピウス9世によって列聖された。