白鳳年間に役行者によって創建された吉水院が前身。
神仏混交の色濃い僧坊だったものの神仏分離の嵐の中で明治８年に吉水神社として寺号を廃した。
文治元(1185)年には源 義経が静御前と主従を連れて鎌倉の追っ手から逃れて身を隠したとして知られる。更に、延元元(1336)年には後醍醐帝が京・花山院から逃れて行宮とした。それだけではない。文禄３(1594)年には豊臣秀吉が吉野の花見に際して本陣としたことでも知られている。
豊臣秀吉が花見の本陣としたことでも分かるように、ここは上千本、中千本の桜を眼下に納めることが出来るという。もちろん、私が行ったときは霧しか見ることは出来なかった。
境内奥の書院は重要文化財。
祭神として、後醍醐帝、楠 正成、吉水院宗信法印を祀る。